抗真菌药在临床应用中有很多忌讳应该注意。第一，对特定抗真菌药过敏的病人绝对禁用。譬如对氟康唑过敏的病人，用后可能引发紧急的过敏反应，如皮疹、瘙痒、呼吸困难，甚至过敏性休克等，紧急威胁生命健康。
孕妇和哺乳期妇女用抗真菌药时需格外小心。一些抗真菌药或许会通过胎盘屏障影响胎儿发育，比如灰黄霉素有潜在的致畸用途，孕妇禁用；伊曲康唑在孕期用也会对胎儿产生不好的影响。对于哺乳期妇女，部分药物或许会随乳汁分泌，被婴儿摄入后可能带来未知风险，所以在用前要权衡利弊，必要时中止哺乳。
肝肾功能不全的病人用抗真菌药存在较大风险。大部分抗真菌药需要经过肝脏代谢和肾脏排泄，像酮康唑、伏立康唑等，或许会加重肝肾负担，致使肝肾功能进一步损害。因此，这种病人在用前要进行全方位的肝肾功能评估，必要时调整药物剂量或选择对肝肾影响较小的药物。
正在用其他药物的病人也应该注意药物相互用途。比如，抗真菌药与某些抗凝药、降糖药、心血管药物等适用时，或许会影响彼此的药效或增加不好的反应的发生几率。如氟康唑与华法林适用，会增强华法林的抗凝用途，增加出血风险。
除此之外，儿童用抗真菌药时要严格学会剂量，由于儿童的生理发育尚未完全成熟，对药物的耐受性和反应与成人不同。同时，免疫功能低下的病人用抗真菌药时，要密切监测药物疗效和不好的反应，由于他们更容易出现感染复发和药物不好的反应。总之，在用抗真菌药时，需要充分知道病人的个体状况，严格遵循用药忌讳，以确保用药安全有效。
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